水产科学重庆市市级重点实验室2004年由重庆市科委批准，依托西南大学建设，是进行水产学及其相关学科研究和人才培养的重要基地。2010年被市科委评为“开放示范研发平台”。首任实验室主任张跃光教授，现任主任王志坚教授。

实验室主要以长江上游特有鱼类、濒危鱼类、重要经济鱼类和世界性养殖鱼类以及模式生物斑马鱼为主要研究对象，重点开展水产养殖新品种开发及渔业生物学、鱼类生殖及发育、水产动物营养及饲料、水产动物病害防治及水产品安全和渔业资源及环境等方面的基础、应用基础和应用研究。近5年来，承担了国家973、863计划项目、国家支撑计划项目、星火计划重大项目、公益性（行业）专项等各级各类项目200余项，取得了一批创新性研究成果；出版专著2部，水产类教材2部，主编出版农家书屋《养殖高手丛书》1套17本；发表学术论文200余篇，申报授权专利10余项；获重庆市自然科学奖一等奖、重庆市科技进步二、三等奖多项。在产学研结合、科技成果转化与推广、社会服务等方面成效显著，产生了良好的社会影响。

实验室现有固定研究人员53人，其中教授17人，副高级职称20人，博士生导师6人，37人具有博士学位，15人具有海外留学、工作或进修经历。

实验室有4000 m2的实验大楼，1200 m2的温室大棚，拥有3000余万元的仪器设备，自行设计研发的80余套鱼类苗种及良种培育循环水养殖系统应用效果良好，研究条件一流。

实验室学术交流频繁，与美国、日本、德国、加拿大、法国、新加坡、捷克、香港等国家和地区的相关研究机构有广泛的学术联系和交流，与中科院的水生生物研究所、北京动物所、昆明动物所、水科院的长江水产研究所以及中山大学、山东大学、四川大学等单位有着良好的合作关系。