西南大学亚热带生物地理研究所的前身是西南师范学院亚热带生物地理研究所，1982年11月由钟章成教授倡导创立并首任所长，是我校成立的第一个跨院系的独立研究所。研究所现有专、兼职人员22人，其中博导1人，教授12人、副教授4人、讲师4人、助教2人。拥有有生态学一级学科博士学位授权点、生态学硕士学位授权点、生态学国家重点（培育）学科、三峡库区生态环境教育部重点实验室和重庆市三峡库区植物生态与资源重点实验室。现任所长陶建平教授，副所长魏虹教授。

研究所成立之初的研究方向为亚热带植物生态和植物地理，研究重点为西南亚热带山地丘陵的地理环境、生态系统结构及分布规律、亚热带植被地域差异其演化规律、我国亚热带地区的自然资源开发利用和生态保护。在常绿阔叶林生态系统研究、植物种群生态适应机理研究和亚热带生物多样性保护等方面取得了突破性进展，研究成果在生态学界具有重要影响。随着三峡工程的修建和运行，研究所在三峡库区消落区生态恢复、三峡库区退化森林生态系统恢复重建、珍稀濒危物种保护生物学、喀斯特脆弱生态系统生态过程等方面开辟了新的研究领域，取得了一批重要研究成果。近年来，研究所承担国家自然科学基金重点项目等国家级项目30余项、省部级项目及横向项目50余项，出版专著10余部，发表学术论文240余篇。